Program Pendidikan Pasacasarjana sudah dipersiapkan sejak tahun 1983. Cikal bakalnya berasal dari Surat Keputusan Dekan Fakultas Pertanian Nomor 1040/PT15.3/C.84 tertanggal 10 Maret 1984 tentang Pembentukan Tim Persiapan Penyelenggaraan Program Pendidikan Pascasarjana yang kemudian ditingkatkan menjadi Tim UNSRAT. Pada bulan Juli 1984, dengan bantuan Pemerintah Daerah Provinsi Sulawesi Utara sudah didatangkan Tim Evaluasi dari IPB. Selain itu Rektor menugaskan tim untuk mengadakan pembicaraan dengan pihak Universitas Indonesia (UI) tentang pembukaan Program Studi Linguistik.
Program Pascasarjana UNSRAT Manado mulai tahun ajaran 1985/1986. Persetujuan IPB sudah dilaporkan pada Rektor UNSRAT dan kemudian pada tanggal 16 Maret 1985 diterbitkan Surat Keputusan Rektor Universitas Sam Ratulangi Nomor 019/PT15/a/I/85, tentang pembukaan Program Pascasarjana dengan lima program studi, yaitu : Entomologi Pertanian (ENT), Ilmu Tanaman (AGR), Pengembangan Ilmu-Ilmu Makanan (PIM), Pengembangan dan Pengerahan Sumberdaya Ekonomi dan Sosial Masyarakat (PPSESM), dan Linguistik (LIN).
Cita-cita mendirikan Program Pascasarjana menjadi kenyataan setelah ditandatangani naskah kerjasama yaitu antara Rektor IPB dengan Rektor UNSRAT pada tanggal 23 Juli 1985. Dalam perjanjian kerjasama tersebut dinyatakan Program Pascasarjana Universitas Sam Ratulangi berstatus KPK (Kegiatan Pengumpulan Kredit) dengan IPB. Dasar hukum pelaksanaan program ini dengan Surat Dirjen Pendidikan Tinggi Nomor 747/D/Q/1985 dinyatakan tentang penetapan Program Studi Entomologi dan Fitopatologi, sedang tiga program studi lainnya berstatus pengakuan akademik oleh IPB, yakni Ilmu Tanaman, Pengembangan Ilmu-ilmu Makanan, serta Pengembangan dan Pengerahan Sumberdaya Ekonomi dan Sosial Masyarakat.
Kemudian Program Pascasarjana UNSRAT memperluas program studinya dalam bidang Ilmu-ilmu Sosial. Berdasarkan Piagam kerjasama antara UNSRAT dengan UGM Nomor 31/PT15/F/1990 dan Nomor 2022/KS/02/III/1990, serta Rekomendasi dari Gubernur Sulawesi Utara Nomor 420/10/176/VI-91 maka pada tahun ajaran 1992/1993 Rektor UNSRAT membuka Program Studi Pengelolaan Sumberdaya Pembangunan dan Linguistik. Sejak tahun akademik 1997/1998, Program Pascasarjana Unsrat sudah mengelola 8 program studi yaitu :
1. Linguistik (LIN)
(No.426/DIKTI/Kep/1993)
2. Pengelolaan Sumberdaya Pembangunan (PSP)
(No.427/DIKTI/Kep./1993)
3. Ilmu Hukum (IHK)
(No.801/DIKTI/Kep./1996)
4. Entomologi (ENT)
(No.390/DIKTI/Kep./1997)
5. Agronomi (AGR)
(No.391/DIKTI/Kep./1997)
6. Ilmu Pangan (IPA)
(No.192/DIKTI/Kep./1997)
7. Ilmu Perairan (IPN)
(No.06/DIKTI/Kep./1998)
8. Ilmu Perencanaan Pembangunan Wilayah (IPW)
(No.07/DIKTI/Kep./1998)
Pada tahun akademik 1999/2000 dibuka Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat (IKM), diikuti dengan pembukaan Program Studi Teknik Sipil (TSi) pada tahun akademik 2000/2001,dan yang terakhir tahun 2010/2011 dibuka program Magister Arsitektur (Ars) serta Program Doctor (S3) Ilmu Hukum, Linguistik dan Entomologi. Dengan demikian pada saat ini Program Pascasarjana Unsrat mengelola 11 (sebelas) Program Studi Magister dan Tiga Program Doctor.
